Az 1941 óta Gejdar Alijev a Nahicsevani ASZSZK (Autonóm Szovjet Szocialista Köztársaság) Belügyi Népbiztosságában, valamint a Nahicsevani ASZSZK Népbiztosainak Tanácsában dolgozott osztályvezetőként. 1944-ben őt átirányították az állami biztonsági szolgálatokhoz. Azóta Gejdar Alijev a biztonsági szolgálatok rendszerében dolgozott. 1964-ben az Azerbajdzsáni Minisztertanács mellett működő Állami Biztonsági Hivatal vezetőhelyettese, 1967-ben pedig vezetője lett és vezérőrnagyi rangot kapott. Ez az idő alatt befejezte a szakfőiskolát Leningrádban (most Szentpétervár), 1957-ben elvégezte az Azerbajdzsáni Állami Egyetemet történelmi szakon.

Azután, hogy Gejdar Alijevet 1967 júliusában az Azerbajdzsáni Kommunista Párt Központi Bizottságának plenáris ülésén az Azerbajdzsáni Kommunista Párt Központi Bizottságának első titkárává választották meg, ő lett a Köztársaság vezetője. 1982 decemberében Gejdar Alijevet megválasztották a Szovjetunió Kommunista Párt Központi Bizottságának Politikai Bizottságtagjává és kinevezték az SZSZKSZ Minisztertanácsának első elnökhelyettesének. Így Gejdar Alijev az SZSZKSZ egyik vezetője lett. Húsz éven keresztül Gejdar Alijev az SZSZKSZ Legfelsőbb Tanácsának küldötte, öt éven át az SZSZKSZ Legfelsőbb Tanácsának elnökhelyettese volt.

1987 októberében Gejdar Alijev a Szovjetunió Kommunista Pártja Központi Bizottságának Politikai Bizottsága és személyesen a Mihail Gorbacsov által folytatott politika elleni tiltakozásul lemondott a betöltött tisztségekről.

Az 1990 január 20-án a szovjet csapatok által Bakuban elkövetett vérengzéssel kapcsolatban Gejdar Alijev nyilatkozatot tett közzé az azerbajdzsáni moszkvai képviseleten. A nyilatkozatban megkövetelte az azerbajdzsáni nép elleni bűncselekmény szervezőinek és végrehajtóinak megbüntetését. Az SZSZKSZ vezetőségének a Hegyi-Karabahban alakult éles konfliktussal kapcsolatos kétszínű politikája ellen tiltakozva Gejdar Alijev 1991 júliusában kilépett a Szovjetunió Kommunista Pártjából.

1990 júliusában Gejdar Alijev visszatért Azerbajdzsánba. Először Bakuban élt, később Nahicsevanban. Ugyanabban az évben az azerbajdzsáni Legfelsőbb Tanács küldöttévé választották. 1991-1993 években a Nahicsevani Autonóm Köztársaság Legfelsőbb Medzsliszelnöke és az azerbajdzsáni Legfelsőbb Tanács elnökhelyettese volt. Az 1992-ben az "Eni Azerbajdzsán" párt Nahicsevan városában megtartott alakuló gyűlésén Gejdar Alijevet pártelnökévé választották.

Amikor 1993 májusában-júliusában a kormányválság kritikus méretű kiéleződése következtében fennállt annak a veszélye, hogy kitör a polgárháború és az ország elveszíti önállóságát, az azerbajdzsáni nép megkövetelte Gejdar Alijev hatalomba juttatását.

Az akkori azerbajdzsáni vezetők kénytelenek voltak hivatalosan meghívni Gejdar Alijevet Bakuba. 1993. június 15-én Gejdar Alijevet az Azerbajdzsán Legfelsőbb Tanácsának elnökévé választották, július 24-én a Milli Medzslisz határozata szerint el kezdte látni az Azerbajdzsán Köztársaság elnöki teendőit. 1993. október 3-án Gejdar Alijevet össznépi szavazáson az Azerbajdzsán Köztársaság elnöke lett. 1998. október 11-én a választók magas részvétele mellett őt 76,1%-os többséggel újra választották az Azerbajdzsán Köztársaság elnökévé. Gejdar Alijev beleegyezett abba, hogy jelöli magát a 2003.október 15-ére kitűzött elnöki választáson is, de később visszavonta jelöltségét egészségügyi problémák miatt.

Gejdar Alijev egy sor nemzetközi díj birtokosa, több ország egyetemeinek díszdoktora, rendelkezik egyéb magas tiszteletbeli címmel. Négyszer Lenin Érdemrenddel, egyszer Vörös Csillag Érdemrenddel, többször éremmel tüntették ki, kétszer kapta a Szocialista Munka Hőse címét is. Vannak számos külföldi állami érdemrendjei és érmei is.

A legutóbbi több, mint harminc éves Azerbajdzsán története elválaszthatatlan Gejdar Alijev nevétől. Ezek az évek során a nép feléledése az összes társadalmi-politikai, gazdasági és kulturális területen éppen az ő nevéhez fűződik.

Ez az időszak alatt Gejdar Alijev segített Azerbajdzsánnak - szülőföldjének, országának - amelynek előrehaladására mindig törekedett, amelynek gazdag kultúrájával, nagy történelmi múltjával mindig büszkélkedett, amelynek leendő generációiról gondoskodott - legyőzni súlyos és kegyetlen időmegprobáltatásokat.

Kiváló politikai és állami személység, a nép vitathatatlan vezetője lévén élőlegendává vált. E miatt Gejdar Alijev-fenomén mindig magára vonta a figyelmet. A világon élő azerbajdzsánok össznemzeti vezérének elragadó és aktív politikai tevékenységéről széleskörűen írt mind a köztársasági, mind a nemzetközi sajtó.

1993 júniusában, amikor az azerbajdzsáni nép megbizonyosodott arról, hogy a nemzeti államiságnak szétesés fenyeget, amikor beköszöntek a legnehezebb napok, nyomatékosan megkövetelte a hatalomváltást és ettől kezdve újra rábízta Gejdar Alijevre saját sorsát. Gejdar Alijev, a saját népének szenvedélyeit látva, elfogadta a nép állhatatos kérését, visszatért a nagy politikába Azerbajdzsánban. A nép reménnyel és örömmel fogadta Gejdar Alijev visszatérését. Ez a nap bekerült a független Azerbajdzsán történelmébe mint a Nemzeti Megmentés Napja.